Hasta el día de hoy, nadie ha sido juzgado por el exterminio organizado que tuvo lugar antes y durante la dictadura de Franco en España. Más de 100.000 personas continúan desaparecidas. Tras el fracaso en 2010 del intento de Baltasar Garzón de juzgar estos crímenes, varias víctimas presentaron una querella en Buenos Aires, la conocida como Querella Argentina. La causa contra Franco indaga en casos de crímenes concretos incluidos en ese proceso judicial y ofrece nuevas evidencias a través de material de archivo inédito y de la contextualización histórica y legal de cada caso.
Durante los ocho años de trabajo que los directores invirtieron en la realización del documental, lograron establecer contacto con personas de ambos lados del conflicto —incluida la hija de uno de los generales involucrados en el golpe de 1936, estrechamente vinculado con el líder nazi Hermann Göring— y recopilaron una gran cantidad de valiosa información que aquí ofrecen perfectamente ordenada. El film arroja luz sobre las atrocidades, aún impunes, cometidas sistemáticamente por el régimen dictatorial español mediante un metódico análisis de los casos más paradigmáticos, apelando al juicio de un espectador que difícilmente quedará indiferente.